Однако сточные воды имеют и большой недостаток, так как содержат болезнетворные микробы и яйца гельминтов. Особую опасность представляют яйца гельминтов, поскольку даже в почве они сохраняют жизнеспособность до 1,5 лет. По этой причине сточные воды перед внесением на поля подвергают специальной обработке, и в первую очередь отстаиванию в течение 1,5...2 ч. Можно поливать почву необработанными сточными водами, но только осенью или зимой.
Осадок сточных вод содержит фосфор, азот, значительное количество кальция и незначительное калия. Для получения наибольшего эффекта осадок лучше вносить с осени при вспашке зяби. Практикой установлено, что применение этого осадка оказывает положительное действие на улучшение агрохимических свойств тяжелых дерново-подзолистых почв.
Особый интерес в сельском хозяйстве представляют стоки из животноводческих помещений. В их состав (как в состав жидкого навоза) входят экскременты животных, подстилочный материал, технологическая вода, остатки кормов и посторонние включения.
Навозные стоки отличаются высоким показателем БПК5 — от 7200 до 13600 мг/л. Этот показатель свидетельствует о высокой удобрительной ценности навозных стоков.
При внесении навозных стоков на полях достигается полная переработка их в биомассу сельскохозяйственных растений. Этому способствует микрофлора, почва и солнечная энергия.
Исследованиями установлено, что при инфильтрации жидкой фракции навозных стоков через почвенный слой толщиной 50 см степень очистки достигает 99%. Почвенная очистка исключает необходимость ограничения навозных стоков для орошения в растениеводстве.